nipype处理核磁数据(一)——Anaconda、NeuroDebian、Nipype的安装

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nipype处理核磁数据(一)——Anaconda、NeuroDebian、Nipype的安装

1.Anaconda

安装包下载地址(for linux):

链接:http://pan.baidu.com/s/1jISqinO  密码:lvde

第一步:执行脚本程序

打开终端,在终端输入下列语句运行,若提示找不到该文件,在shell的文件名前输入文件存储的位置,dash 文件存储位置/文件名。

dash Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh#(这里是下载下来的shell文件名)
(若启动栏里没有终端,可通过 ctrl+alt+T 打开)

第二步:开始安装

根据提示一直按回车,遇到是否同意,同意填 yes。

第三步:添加环境变量

若是在在添加环境变量不小心选了 no, 需要打开.bashrc文件,在最后添加下列代码:

export PATH=/home/username/anaconda/bin:$PATH

第四步:检测是否安装成功

打开一个新的终端,输入ipython,会出现安装版本的信息,接着输入

import numpy

如果不报错,安装成功。
第五步: 打开spyder

安装anaconda成功后,系统根目录下会出现一个anaconda的文件夹,进入到/anaconda/bin目录下运行spyder:

cd /home/usrname/anaconda3/bin
spyder

如果系统提示没有该模块,在终端输入:

sudo apt-get install spyder
等待安装完毕后,输入spyder,第一次运行比较慢,等着就好。(这里最好运行后将程序固定在启动栏中,后续用方面启动)

2.NeuroDebian

从网页http://neuro.debian.net/上下载,注:要选择自己系统的ubuntu版本,如果不知道版本,在终端输入下列语句查看。

lsb_release -a
版本和所在地区选择完毕后,再选择“all software”,然后页面下方会提供下载代码,复制到终端运行即可。

3.Nipype

第一步:

在终端输入语句: conda config --add channels conda-forge

若出错,则需要添加环境变量,在终端输入:
export PATH=/home/grant/anaconda3/bin:$PATH
conda config --add channels conda-forge

这里语句中“/home/grant/”是anaconda(安装成功后生成的文件夹)所在的位置,“anaconda3/”是其文件名,如下图


第二步:终端中运行 conda install nipype,过程中输入y/n的均输入y即可。

第三步:有几个需要终端下载的包,如nibabel, rdflib, nipy, dipy, graphviz, 运行下列代码

#Install packages with pip
pip install nibabel rdflib nipy dipy

#Install graphviz and pygraphviz separately
sudo apt-get install graphviz libgraphviz-dev
pip install --upgrade pygraphviz graphviz
第四步:打开spyder, 输入 import nipype ,运行后不报错即安装成功!
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